ჯენსენ ეკლსი დაიბადა 1 მარტს 1978 წელს დალასში(ტეხასის შტატი, აშშ) მსახიობის ალან როჯერ ეკლსის და დონა ჯოან შეფერის ოჯახში. მშობლებმა შვილს ჯენსენი დაარქვეს, რადგან ამ სახელს იშვიათად თვლიდნენ. ჯენსენს უფროსი ძმა ყავს ჯოშუა(1975) და უმცროსი და მაკენზი(1985). ჯენსენ ეკლსი ჯერ დარმუტის სკოლაში სწავლობდა რიჩარდსონში(ტეხასშ), მერე კი აპოლოს სკოლაში გადავიდა სასწავლებლად და 1993 წელს ბერკნერის სკოლაში გადავიდა, რომელიც 1996 წელს დაამთავრა. სკოლის დამთავრების შემდეგ ჯენსენი გეგმავდა ტეხასის უნივერსიტეტში ჩაბარებას ფიზიოტერაპევტზე, თუმცა მერე მსახიობობა გადაწყიტა და ლოს–ანჟელესში გადავიდა. ჯენსენ ეკლსის სამსახიობო კარიერა 1996 წელს დაიწყო, როდესაც ის ეპიზოდურ როლებში გამჩნდა ისეთ სერიალებში, როგორიცაა 'მისტერ როუდს', 'Francine Pascal - School in the Tender Valley' და 'Cybill'. 1997 წელს მან ერიკ ბრეიდის როლი მიიღო NBC ტელეარხის სერიალში 'Days of Our Lives'. 2000 წელს ჯენსონი წავიდა სერიალიდან 'Days of Our Lives' მინი–სერიალში 'ქერა ქალი' მონაწილეობისთვის, რომელიც მერლინ მონროს ცხოვრებაზე მოგვითხრობდა. მან ასევე სინჯები გაიარა კლარკ კენტის როლზე სერიალში 'სმოლვილის საიდუმლოები', თუმცა ეს როლი ტომ უელინგს შეხვდა. 2001 წელს ჯენსენმა მონაწილეობა მიიღო სერიალში 'Dark Angel' ისევ საეპიზოდო როლში, სადაც ბენის , ფსიქოპატის და სერიული მკვლელის, მთავარი გმირის(რომელის ჯესიკა ალბამ შეასრულა) მაქსის 'ძმის' როლი შეასრულა. მისი პერსონაჟი იღუპება, მაგრამ ჯენსონი მეორე სეზონში ბრუნდება ბენის ტყუპის ცალის როლში – ალეკის და რჩება სერიალში ბოლომდე 2002 წლამდე. 2003 წელი ჯენსენისთვის ნაყოფიერი აღოჩნდა. ის შეუერთდა პოპულარული ტელესერიალის 'Dawson's Creek' სამსახიობო ჯგუფს, სადაც სი ჯეის, ჯენ ლინდლის შეყვარებულის როლი შეასრულა. ამის შემდეგ ჯენსენმა მონაწილეობა მიიღო კიდევ ერთი სერიალის 'წყნარი ცხოვრება' რამოდენიმე ეპიზოდში, რომელის გადაღებები შეწყვიტეს. მან ასევე პატარა როლი ითამაშა 2004 წლის მოკლემეტრაჟიან ფილმში 'The Plight of Clownana'. ეკლსს შესთავაზეს ელაიზა დუშკის შეყვარებულის როლი, მაგრამ 2004 წელს ის ვანკუვერში დაბრუნდა(სადაც 'ბნელი ანგელოზის' გადაღებები მიმდინარეობდა) იმისათვის, რომ ჯეისონ ტიგას როლი შეასრულოს, ლანა ლენგის შეყვარებულის როლი ტელესერიალში 'Smallville'. 2005 წელს ჯენსენმა მთავარი როლი შეასრულა ფილმში 'Devour' თავის მამასთან ერთად. 2005 წელს ჯენსენმა მთავარი დინ ვინჩესტერის როლი მიიღო მისტიკურ ტელესერიალში 'Supernatural', რომელშიც ასევე მთავარ როლში ითამაშა ჯარედ პადალეცკიმ. 2007 წელს ჯენსენი დაამტკიცეს პრისტლის როლზე ფილმში «Ten Inch Hero». 2007 წლის ივნისში ჯენსენმა თეატრის Casa Mañana სცენაზე გამოვიდა ლუ დაიმონდ ფილიფთან ერთად სპეკტაკლში 'რამოდენიმე კარგი ბიჭი'. ეს ჯენსენისთვის თეატრალურ სცენაზე პირველი გამოცდილება იყო.
